Pour mener à bien cette action, la DREAL de chaque région définit une ou plusieurs structures opératrices, chargées de rédiger puis d'animer les déclinaisons régionales du PNA. Afin de construire cette déclinaison de façon collégiale, un comité de rédaction est constitué. Il détermine les actions à mettre en place et leur priorité. L'Opie, en tant que structure animatrice nationale, apporte son aide aux structures déclinant le PNA le souhaitant, afin d'organiser, d'animer ou de participer aux comités de rédaction. Dans l'objectif d’apporter des propositions méthodologiques, pouvant servir d’inspiration ou de base de réflexion, une trame d'aide à la rédaction d'une déclinaison régionale a été rédigée, disponible sur demande. Au cours de la rédaction des déclinaisons, en plus de l'échelon régional, une réflexion par massif ou bassin peut être envisagée avec les régions voisines, permettant de tenir compte de la répartition des populations des espèces cibles, ne s'arrêtant pas aux frontières administratives et pouvant parfois être à cheval sur plusieurs régions, et/ou dans le but de mener des actions coordonnées à l'échelle interrégionale. Cette réflexion est particulièrement opportune pour les structures rédactrices et animatrices des déclinaisons régionales ayant choisi d'axer l'étude et la conservation des espèces PNA avec une approche basée sur des cortèges d'espèces en plus d'une approche spécifique.